Tự chủ tài chính đối với các cơ sở y tế công lập nhằm mục tiêu xã hội hóa công tác chăm sóc sức khỏe nhân dân, nhằm tạo ra sự cạnh tranh về chất lượng khám, chữa bệnh theo hướng tích cực. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện tự chủ tài chính, các bệnh viện, trung tâm y tế cũng gặp không ít khó khăn, bất cập cần sớm được tháo gỡ để cơ chế tự chủ phát huy được tính ưu việt.